Fuu, una chica de 15 años, trabajaba en una casa de té hasta que ésta fue destruida después de una violenta pelea a tres bandas entre Mugen “el vagabundo”, Jin “el samurai errante”, y los guardaespaldas del hijo del Daikan de ese pueblo. Al final del combate Mugen y Jin son arrestados para ser ejecutados al día siguiente. Fuu intenta hacer un trato con estos dos individuos, les ayudará a escapar si a cambio de ello le ayudan a encontrar al samurai que huele al perfume de semillas de girasol. Aunque las cosas no son tan fáciles ya que Mugen y Jin están siempre intentando acabar el uno con el otro, una rivalidad eterna casi profesional.
Ambos samuraís tiene un pasado borroso; Mugen, de ascendencia Pirata llama la atención con su atuendo y su extraña forma de pelear. De Jin, samurai silencioso y de mirada fría, de pocas palabras, es acosado varias veces por todos por distintos samuraís de la región, en su viaje hacia Nagasaki. Ex alumnos del dojo del que él procede, le asedian tratando de eliminarlo, debido a su reputación y a la historia que le precede.
Así entre veredas y pasajes oscuros, los tres viajeros padecen de todo: hambre, violencia y desamor. Toda la serie está bañanda con ciertos tintes de modernidad, como cortes y tintes de cabello, personajes que emulan algún recuerdo de artistas del arte y la música y sobre todo de un ambiente muy urbano, muy hip hop; no sólo por la música sino también por los personajes, su forma de hablar y de actuar. Además, guarda cierta crítica hacia la enajenación occidental en las culturas asiáticas y la influencia de la cultura nipona en el arte y la historia. Beatbox, graffitti, tatuajes, drogas, sexo sugerido, tristeza y fortuna, todas unidas por una línea hilarante de 26 episodios cuyo final sorprende a todos los gustos. Aunque no es una historia épica de dos samuraís, está muy cerca de serlo.
Cabe resaltar que durante la serie se desentraña una historia que tiene mucho que ver en la historia Tokugawa de aquellos dias como el caso de sus creencias, clanes, etc. y sobre todo plasmado en el pasado de cada personaje y en la búsqueda del famoso samurai de girasoles.